Druhová identifikace mikroorganismů hmotnostní spektrometrií MALDI-TOF


( Matrix Assisted Laser Desorption/Ionization, s analyzátorem doby letu Time of Flight)

Charakteristika metody

Moderní metoda, jejíž pomocí provádíme rychlou a velmi přesnou identifikaci bakterií, plísní a kvasinek izolovaných z biologického materiálu, ze zvířat, potravin a ze vzorků prostředí.

Výhody metody

  • vysoce přesná
  • aplikovatelná pro široké spektrum mikroorganismů
  • mnohem rychlejší ve srovnání s tradičními metodami (provedení samotné analýzy v řádu minut)
  • ekonomicky efektivní
  • robustní

Přístrojové vybavení

K tomuto účelu používáme hmotnostní spektrometr microflex LT MALDI TOF firmy Bruker Daltonics s iontovým zdrojem microSCOUT a analyzátorem doby letu TOF ve spojení se softwarovým systémem MALDI Biotyper.

Příprava vzorku

Pro identifikaci mikroorganismu se využívá individuální kolonie mikroorganismu, vzorek je přenesen na určitou pozici nosiče – terčíku MALDI target, ošetřen speciální matricí a usušen. Není-li tato jednoduchá příprava vzorku úspěšná, lze použít k přípravě vzorku chemickou extrakci bílkovin.

Princip a provedení metody

Laser hmotového spektrometru MALDI-TOF ozáří nanosekundovým pulsem směs vzorku a matrice, přičemž matrice absorbuje energii pulsu a její rozklad ionizuje molekuly vzorku, především ve vysokých koncentracích přítomné ribosomální proteiny. Pozitivně nabité ionty jsou pak na krátkou vzdálenost urychleny silným elektrickým polem a vstupují do vakua v trubici detektoru, kde se pohybují rychlostí úměrnou jejich hmotnosti a náboji. Doby letu iontů se velmi přesně měří a výpočetně se konvertují na poměr molekulové hmotnosti a náboje. Získaná hmotnostní spektra jsou pro velký počet mikroorganismů druhově specifická a představují de facto jejich molekulární identifikátor, fingerprint.

Interpretace výsledků

Vzorek (tj. kolonie mikroorganismu) je pak druhově identifikován porovnáním jeho hmotnostního spektra s databází obsahující tisíce referenčních molekulárních identifikátorů získaných pro jednotlivé referenční kmeny mikroorganismů kombinací hmotnostních spekter z opakovaných analýz. Výstupem srovnávacího algoritmu je druhová identifikace mikroorganismu s přiřazenou hodnotou skóre vyjadřujícího shodu hmotnostního spektra vyšetřovaného vzorku s referenčním molekulárním identifikátorem v databázi MALDI Biotyper. Vlastní interpretaci výsledků provádí vždy mikrobiolog. Vyšetření se v některých případech neobejde bez dalších konfirmačních vyšetření.

Přínos metody

Tato metoda významně doplňuje používané mikrobiologické metody používané v naší laboratoři. Pro řadu situací může být používána jako výchozí metoda poskytující velmi rychlé a velmi přesné výsledky identifikací mikroorganismů.

Hlavním přínosem pro zákazníka – chovatele a jeho veterinárního lékaře – je zrychlení a zpřesnění laboratorní diagnostiky, což v klinických situacích poskytuje možnost rychlejší a efektivnější intervence.

Kontakt a další informace

Jméno Telefon Fax Mobil Email
MVDr. Ivana Kucharovičová 567 143 222
567 143 224
602 782 835 kucharovicova@svujihlava.cz
vedoucí oddělení bakteriologie
MVDr. Marek Brychta 567 143 211 602 728 311 brychtam@svujihlava.cz
odborný pracovník oddělení bakteriologie

Mapa svozných linek

Mapa svozných linek
  STÁTNÍ VETERINÁRNÍ ÚSTAV JIHLAVA
Rantířovská 93/20
58601 Jihlava
Česká republika

Tel.: +420 567 143 111
Fax: +420 567 310 592
E-mail: info@svujihlava.cz
Dat. schránka: wwkdthw
PRACOVIŠTĚ ČESKÉ BUDĚJOVICE
Dolní 2102/2
37004 České Budějovice
Česká republika

Tel.: +420 387 001 570
E-mail: info-cb@svujihlava.cz
Nahoru Tisk Mapa stránek
ÚvodKontaktyNovinky © 2003 - 2017 Státní veterinární ústav Jihlava
TOPlist